亞馬遜云科技宣布近期與加拿大不列顛哥倫比亞大學云創(chuàng)新中心(UBC CIC)達成合作,,基于亞馬遜云科技構(gòu)建的超級計算平臺,助力國際科學家團隊在短短11天內(nèi)搜索了近600萬份公開可用的生物樣本,,成功識別出超過13萬種新的RNA病毒,,其中包括9種新型冠狀病毒。這一工作如果使用一臺傳統(tǒng)計算機則需要2000年才能完成,。該項目實現(xiàn)了RNA病毒研究的又一創(chuàng)舉,,通過識別并溯源新型病毒,科學家們希望在病毒感染人,、牲畜,、農(nóng)作物和瀕危物種時,能夠更早地識別出它們,,幫助防范全球傳染病大爆發(fā),。
在亞馬遜云科技助力下,UBC CIC團隊和全球計算病毒學家啟動了The Open Virome(開放病毒組)項目,,創(chuàng)建了開放的病毒發(fā)現(xiàn)云計算平臺Serratus,。目前,該研究成果已經(jīng)發(fā)表在科學雜志《自然》上,,同時還創(chuàng)建了公開的病毒數(shù)據(jù)庫,,向全球科學界分享研究成果,幫助加速對RNA病毒的研究,。
RNA病毒引起的疾病包括普通感冒,、流感、SARS,、新冠肺炎,、丙型肝炎、埃博拉,、狂犬病,、脊髓灰質(zhì)炎和麻疹等。由于RNA病毒繁殖和進化速度快,,其更容易感染新的宿主物種,。如果基因組學研究人員能夠提前預見和識別新冠肺炎病毒,將徹底改變當前全球疫情的狀況,?;趤嗰R遜云科技的云服務所取得的研究成果,從根本上改變了生物信息學的研究方式,。在此之前,,科學家們經(jīng)過幾十年的數(shù)據(jù)分析,只發(fā)現(xiàn)了1.5萬種病毒,。在使用亞馬遜云科技的基礎架構(gòu)和服務后,,The Open Virome項目團隊在發(fā)現(xiàn)新病毒方面已經(jīng)為科學界節(jié)省了數(shù)百萬美元和長達數(shù)年的時間。
病毒的識別和研究需要分析海量的基因測序數(shù)據(jù),,這其中就包括數(shù)十萬種未知病毒的DNA和RNA,。基因組學的數(shù)據(jù)量每天都在成倍地增長,,造成病毒測序數(shù)據(jù)庫的總量非常龐大,,依靠傳統(tǒng)計算方式根本無法對其進行全面分析或處理。The Open Virome項目負責人,、計算病毒學家Artem Babaian認為,,“預防未來大流行病的關鍵是知識。我們的數(shù)據(jù)量正在迅速超過處理能力,,我們擁有所需的所有信息,,但卻不具備使用這些信息的工具?!?/p>
The Open Virome項目的研究人員僅用8周時間,,順利地在亞馬遜云科技上構(gòu)建了功能強大的超級計算平臺。借助亞馬遜云科技卓越的彈性計算能力,,他們能夠快速處理數(shù)百萬GB的數(shù)據(jù),,并且獲得了顯著的成本效益。該團隊在亞馬遜云科技Amazon Simple Storage Service(Amazon S3)中鏡像了病毒基因測序數(shù)據(jù)庫SRA,,之后使用亞馬遜云科技彈性計算云實例Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2)來分析數(shù)據(jù)集,。項目組的目標是為處理每個測序數(shù)據(jù)集支付不到1美分,在項目完成時全面超越了這個目標,,實際每個測序數(shù)據(jù)集支付不到半美分,。
在短短11天內(nèi),該團隊就處理了高達570萬個測序數(shù)據(jù)集,,并且僅僅花費了2.4萬美元,,發(fā)現(xiàn)了13萬個新的RNA病毒。通過基于亞馬遜云科技搭建的Serratus平臺,,研究人員相信他們既能識別潛在的有害新病毒,,又能提醒科學家注意導致新冠肺炎病毒SARS-CoV-2 virus的潛在突變,,幫助改善診斷測試和疫苗開發(fā),為醫(yī)療政策決策者提供更有效的指導,。
醫(yī)療和生命科學行業(yè)是亞馬遜云科技的優(yōu)勢領域之一,,通過在基因組學研究中應用云計算,賦能客戶將更多的時間和資源用于科研,,幫助加速獲得洞見,,更快地進行突破性研究和產(chǎn)品上市。亞馬遜云科技強大的計算和機器學習服務確??茖W家可以快速地執(zhí)行工作負載優(yōu)勢,,近乎無限的計算能力且靈活的定價能夠帶來非常高的性價比,同時遍布全球的基礎設施和統(tǒng)一的架構(gòu),,以及托管的40 多個開放的生命科學和基因組數(shù)據(jù)集,,能夠確保實現(xiàn)全球范圍內(nèi)開展安全的研究協(xié)作。
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