基于國產(chǎn)申威眾核架構的二維材料分子動力學模擬算法優(yōu)化
所屬分類：技術論文
上傳者：wwei
文檔大?。?span>4572 K
標簽： 分子動力學模擬 高性能計算 LAMMPS
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文檔介紹：分子動力學（Molecular Dynamics,，MD）模擬是探索微觀世界的重要工具,，在多個領域中得到廣泛應用。二維材料是MD在材料科學領域的一個重要研究方向,，其中層間作用力的計算是耗時最多的部分,。高性能計算是能夠提升二維材料模擬效率的關鍵技術，利用新一代神威超級計算機的強大計算能力,，來提高二維材料體系的MD模擬效率,。針對層間力場的計算，采用消除冗余計算,、多核心融合和設置緩沖區(qū)等多種算法優(yōu)化策略,；采用軟件Cache累加受力、從核通信累加能量和從核C++特性等技術實現(xiàn)線程級并行,；采用軟硬件Cache協(xié)同策略提升訪存效率,。實驗結果表明：優(yōu)化后的整體性能提升155倍，模擬效率可達2 ns/day，弱擴展并行效率達到92.7%,。
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